Forskning i Tarmparasitter

Fokusområder og formål

Vi kortlægger almindeligt forekommende tarmparasitter (Blastocystis, Dientamoeba, Entamoeba, andre amøber og børneorm) på DNA-niveau, belyser deres genetiske forskellighed og deres rolle i menneskers sundhed og sygdom. Der er blandt andet et stort fokus på at undersøge sammenhænge mellem disse parasitter og den øvrige tarmfloras sammensætning.

Vi undersøger også disse sammenhænge hos dyr, og netop ved at studere disse sammenhænge hos dyr kan vi blive klogere på, hvilken rolle organismerne spiller for sundhed og sygdom hos mennesker.

De seneste år har vi blandt andet samarbejdet med gastroenterologer for at blive klogere på, hvilken betydning disse parasitter har hos fx patienter med irritabel tyktarm (IBS) eller inflammatorisk tarmsygdom (IBD). Det har overraskende vist sig, at personer med IBS og IBD er koloniseret af disse parasitter i langt mindre omfang end det ses hos raske mennesker. Vi har ligeledes vist, at fx Blastocystis overvejende ses hos individer med en sund tarmflora.

Vor mikrobiom-platform (R1008) har i høj grad muliggjort denne forskning. Denne platform er baseret på NGS-teknologi og et software der sætter navn på alle de DNA-sekvenser, der opstår ved brug af platformen på de prøver, der ønskes undersøgt. Vi kan på denne måde få overblik over, hvad der er af parasitter, bakterier og gærsvampe i en given afføringsprøve (og også i andre typer af prøver).

Udvalgte publikationer

• Stensvold CR, Ascuña-Durand K, Chihi A, Belkessa S, Kurt Ö, El-Badry A, van der Giezen M, Clark CG. Further insight into the genetic diversity of Entamoeba coli and Entamoeba hartmanni. J Eukaryot Microbiol. 2023 Mar;70(2):e12949. doi: 10.1111/jeu.12949. Epub 2022 Oct 19. PMID: 36168968.
• Stensvold CR, Sørland BA, Berg RPKD, Andersen LO, van der Giezen M, Bowtell JL, El-Badry AA, Belkessa S, Kurt Ö, Nielsen HV. Stool Microbiota Diversity Analysis of Blastocystis-Positive and Blastocystis-Negative Individuals. Microorganisms. 2022 Jan 31;10(2):326. doi: 10.3390/microorganisms10020326. PMID: 35208781; PMCID: PMC8878401.
• Stensvold CR, Jirků-Pomajbíková K, Tams KW, Jokelainen P, Berg RPKD, Marving E, Petersen RF, Andersen LO, Angen Ø, Nielsen HV. Parasitic Intestinal Protists of Zoonotic Relevance Detected in Pigs by Metabarcoding and Real-Time PCR. Microorganisms. 2021 May 31;9(6):1189. doi: 10.3390/microorganisms9061189. PMID: 34073014; PMCID: PMC8229027.
• Gotfred-Rasmussen H, Stensvold CR, Ingham AC, Johannesen TB, Andersen LO, Röser D, Nielsen HV. Impact of Metronidazole Treatment and Dientamoeba Fragilis Colonization on Gut Microbiota Diversity. J Pediatr Gastroenterol Nutr. 2021 Jul 1;73(1):23-29. doi: 10.1097/MPG.0000000000003096. PubMed PMID: 33633081.
• Krogsgaard LR, Andersen LO', Johannesen TB, Engsbro AL, Stensvold CR, et al. Characteristics of the bacterial microbiome in association with common intestinal parasites in irritable bowel syndrome. Clin Transl Gastroenterol. 2018 Jun 19;9(6):161. PubMed PMID: 29915224; PubMed Central PMCID: PMC6006308.
• Stensvold CR, van der Giezen M. Associations between Gut Microbiota and Common Luminal Intestinal Parasites. Trends Parasitol. 2018 May;34(5):369-377. PubMed PMID: 29567298.
• Jokelainen P, Hebbelstrup Jensen B, Andreassen BU, Petersen AM, Röser D, et al. Dientamoeba fragilis, a Commensal in Children in Danish Day Care Centers. J Clin Microbiol. 2017 Jun;55(6):1707-1713. PubMed PMID: 28330885; PubMed Central PMCID: PMC5442526.
• Stensvold CR, Lebbad M, Hansen A, Beser J, Belkessa S, Andersen LO’, Clark CG. Differentiation of Blastocystis and parasitic archamoebids encountered in untreated wastewater samples by amplicon-based next-generation sequencing. Parasite Epidemiol Control 2019 Dec 21;9:e00131. doi: 10.1016/j.parepi.2019.e00131. eCollection 2020 May.
• Andersen LO, Bonde I, Nielsen HB, Stensvold CR. A retrospective metagenomics approach to studying Blastocystis. FEMS Microbiol Ecol. 2015 Jul;91(7)PubMed PMID: 26130823.
• Andersen LO, Stensvold CR. Blastocystis in Health and Disease: Are We Moving from a Clinical to a Public Health Perspective?. J Clin Microbiol. 2016 Mar;54(3):524-8. PubMed PMID: 26677249; PubMed Central PMCID: PMC4767957.
• Krogsgaard LR, Engsbro AL, Stensvold CR, Nielsen HV, Bytzer P. The prevalence of intestinal parasites is not greater among individuals with irritable bowel syndrome: a population-based case-control study. Clin Gastroenterol Hepatol. 2015 Mar;13(3):507-513.e2. PubMed PMID: 25229421.

Forskningsprojekter

Børneorm

Vi ønsker at øge fokus på børneormsinfektioner i Danmark, herunder omfang og behandlingsmæssig håndtering. Aktuelt søges der om midler til et studie, der skal belyse tendenser i smitte (før, under og efter covid-19-pandemien), samt undersøge om problemer med manglende effekt af behandling kan skyldes resistens, rekrudescens, eller re-infektion. Vi forventer at kunne anvende fuldgenom-sekventering til at skabe data, der kan bruges til at besvare vore spørgsmål.

Blastocystis som biomarkør og evt. probiotikum

Blastocystis er en meget almindeligt forekommende tarmparasit såvel hos mennesker som dyr. Vor seneste forskning har vist, at der er en klar sammenhæng mellem kolonisation med denne organisme og visse grupper af tarmbakterier.  

Det er derfor relevant at undersøgt hvilke typer af værter, der typisk har Blastocystis, og herunder også at undersøge hvilke diætmæssige forhold, der er karakteristiske for de værter, der typisk har eller ikke har Blastocystis.

Vi ønsker også via en rotte-model at undersøge, hvorledes tarmfloraen ændres efter etablering af Blastocystis kolonisation. 

I et længere perspektiv vil vi undersøge, hvorledes Blastocystis kan anvendes som biomarkør og evt. som probiotikum. Blandt andet påbegynder vi i 2023 et 3-årigt studie, der skal kortlægge, hvilke demografiske, kliniske og fysiologiske faktorer der kendetegner personer med Blastocystis i tarmen. Studiet er finansieret af Det Norske Forskningsråd og sker i samarbejde med Københavns Universitet og Stavanger Universitet.

Der er endvidere etableret et europæisk COST netværk, der skal søge at

1. Støtte fremme af Blastocystis-forskning ved at samle fagfolk fra forskellige discipliner og lande.
2. Fremme informationsudvikling om nuværende metoder, især inden for områderne subtypebestemmelse, vært-Blastocystis-mikrobiom-interaktioner og Blastocystis-omics.
3. Fremme kapacitetsopbygning via et tværfagligt netværk af internationalt samarbejde.
4. Åbne kommunikationsveje med dyrlæger, læger og offentligheden.

Genetisk diversitet indenfor amøber

En række forskellige amøber kan kolonisere menneskets tarm, herunder fx Entamoeba, Endolimax og Iodamoeba.

Vi har de i de seneste år dokumenteret en påfaldende høj genetisk diversitet indenfor disse amøbe-slægter. Dette betyder, at det er relevant at undersøge, om der er forskelle indenfor hver af disse slægter på de individuelle arters rolle i sundhed og sygdom. Derudover er det vigtigt at kortlægge diversiteten indenfor hver slægt i forhold til at kunne supplere og opdatere de databaser vi anvender til vor mikrobiom-platform og den øvrige DNA-baserede diagnostik.