Forskning i Mikrobiom

Fokusområder og formål

Vor mikrobiom-platform (R1008) anvendes til at få så udtømmende et billede som muligt at de bakterier, parasitter og svampe der måtte være i en given prøve. Denne platform er baseret på Next Generation Sequencing-teknologi og et software der sætter navn på alle de DNA-sekvenser, der opstår ved brug af platformen på de prøver der ønskes undersøgt. Teknologien anvendes hovedsageligt til

1. Påvisning af sygdomsfremkaldende organismer i normalt sterile prøver (fx vævsbiopsi, rygmarvsvæske, ledvæske eller blod) eller fødevare- og miljøprøver (fx vandprøver fra svømmehaller eller produktionsvand)
2. Kortlægning af tarm-flora og -fauna i afføringsprøver (dvs. belysning af artsrigdom og mikrobiel diversitet i afføringsprøver).

Links til udvalgte publikationer 

• Holmgaard DB, Barnadas C, Mirbarati SH, O'Brien Andersen L, Nielsen HV, Stensvold CR. Detection and Identification of Acanthamoeba and Other Nonviral Causes of Infectious Keratitis in Corneal Scrapings by Real-Time PCR and Next-Generation Sequencing-Based 16S-18S Gene Analysis. J Clin Microbiol. 2021 Jan 21;59(2). doi: 10.1128/JCM.02224-20. Print 2021 Jan 21. PubMed PMID: 33239372; PubMed Central PMCID: PMC8111161.
• Gotfred-Rasmussen H, Stensvold CR, Ingham AC, Johannesen TB, Andersen LO, Röser D, Nielsen HV. Impact of Metronidazole Treatment and Dientamoeba Fragilis Colonization on Gut Microbiota Diversity. J Pediatr Gastroenterol Nutr. 2021 Jul 1;73(1):23-29. doi: 10.1097/MPG.0000000000003096. PubMed PMID: 33633081.
• Stensvold CR, Nielsen M, Baraka V, Lood R, Fuursted K, Nielsen HV. Entamoeba gingivalis: epidemiology, genetic diversity and association with oral microbiota signatures in North Eastern Tanzania. J Oral Microbiol. 2021 May 19;13(1):1924598. doi: 10.1080/20002297.2021.1924598. PubMed PMID: 34104347; PubMed Central PMCID: PMC8143617.
• Krogsgaard LR, Andersen LO', Johannesen TB, Engsbro AL, Stensvold CR, et al. Characteristics of the bacterial microbiome in association with common intestinal parasites in irritable bowel syndrome. Clin Transl Gastroenterol. 2018 Jun 19;9(6):161. PubMed PMID: 29915224; PubMed Central PMCID: PMC6006308.
• Ring HC, Thorsen J, Saunte DM, Lilje B, Bay L, Riis PT, Larsen N, Andersen LO, Nielsen HV, Miller IM, Bjarnsholt T, Fuursted K, Jemec GB. The Follicular Skin Microbiome in Patients With Hidradenitis Suppurativa and Healthy Controls. JAMA Dermatol. 2017 Sep 1;153(9):897-905. doi: 10.1001/jamadermatol.2017.0904.
• Stensvold CR, Lebbad M, Hansen A, Beser J, Belkessa S, Andersen LO’, Clark CG. Differentiation of Blastocystis and parasitic archamoebids encountered in untreated wastewater samples by amplicon-based next-generation sequencing. Parasite Epidemiol Control 2019 Dec 21;9:e00131. doi: 10.1016/j.parepi.2019.e00131. eCollection 2020 May.

Forskningsprojekter

Sammenhænge mellem almindeligt forekommende tarmparasitter og tarmbakterier

Enkelte tarmparasitter synes at være almindeligt forekommende hos personer uden mave-/tarm-symptomer. Vi har på SSI været med til at vise, disse tarmparasitter kan ses som indikatorer for en sund tarmflora. Det primære spørgsmål vi søger svar på i denne forbindelse er, om disse parasitter kun er indikatorer, eller om de aktivt kan påvirke tarmfloraen i en sund retning.

Anvendelse af mikrobiom-analyse til diagnostik af infektiøs hornhindebetændelse

Infektiøs hornhindebetændelse kan skyldes infektion med bakterier, svampe eller parasitter (samt virus som dog ikke er omfattet af vores mikrobiom analyse). Over årene har vi i Parasitologisk Laboratorium modtaget hundreder af hornhindeskrab til testning for Acanthamoeba som er en kendt årsag til hornhindebetændelse hos især kontaktlinsebærere. Men mange af prøverne er negative, og her skyldes infektionen måske svampe eller bakterier, som er andre kendte og hyppige årsager til infektiøs hornhindebetændelse. Vi tester hvor relevant mikrobiom-platformen er i forhold til screening for disse tre typer af mikroorganismer.

Kortlægningen af tarm-mikrobiom hos grønlandske moskusokser

Vi kortlægger tarm-mikrobiom hos grønlandske moskusokser fra forskellige dele af Grønland, hvor prøveindsamling er sket både sommer og vinter. En del af de DNA sekvenser vi genererer kan ikke mappes til eksisterende data i referencedatabaserne. Vi arbejde på at finde ud af, dels hvad disse sekvenser dækker over, dels at identificere sammenhænge mellem geografi, årstid og mikrobiom-signaturer indenfor såvel bakterier, svampe og parasitter.

Indvirkning af probiotika på tarmflora og –fauna hos overvægtige gravide

I samarbejde med forskere fra Hvidovre Hospital udfører vi studier, hvor vi undersøger hvilken indvirkning probiotika har på bl.a. vægt og tarm-flora og -fauna hos overvægtige gravide.