Mycobacterium tuberculosis kompleks DNA (PCR) ekstraundersøgelse & standardundersøgelse (R-nr. 145)

Hurtig diagnostik af tuberkulose. Det kan eks. dreje sig om; kritisk dårlige patienter, børn (hvor tilstanden kan forværres hurtigt) og prøver, hvor kontamination af dyrkningen med andre mikroorganismer er hyppig.

Supplement til overvejelser vedr. smittefarlighed/isolering. Negativ PCR for M. tuberculosis kompleks betyder ringe risiko for smittespredning.

Bemærk: Undersøgelsen er en ekstra undersøgelse til standardundersøgelsen R-nr. 144, som allerede indeholder én PCR for M. tuberculosis kompleks inklusive genotypisk resistensbestemmelse for isoniazid og rifampicin (for positive prøver) for nye patienter, dvs. patienter, hvor der ikke foreligger andre mykobakterie-undersøgelser indenfor det seneste år. Denne ekstraundersøgelse (R-nr. 145) skal derfor kun rekvireres, hvis der er et særligt behov for mere end én PCR analyse for M. tuberculosis kompleks, eks. hos diagnostisk særligt vanskelige/uafklarede tilfælde med høj mistanke om tuberkulose og mange negative prøver eller prøvemateriale fra forskellige lokalisationer. Udføres der supplerende regional mikroskopi og/eller PCR for M. tuberculosis kompleks, skal materiale fra samme prøve sendes til SSI (prøven deles) med henblik på standardundersøgelse. Er der ikke materiale nok til at dele prøven, skal hele materialet, som udgangspunkt, sendes til SSI.

Som til standardundersøgelsen (se link nedenfor).
Derudover kan paraffinindstøbt væv også anvendes: Prøvemængde: 5 snit á 5 μm formalinfikseret, paraffinindstøbt væv. Prøvebeholder: Bedes fremsendt i rør og ikke som mikroskopi præparat. Laboratoriet har ikke udstyr til at skære 5 μm snit, hvorfor fremsendte klodser returneres.

Som tillæg til standardundersøgelsen.

Undersøgelsen kan rekvireres i WebReq under laboratoriet Statens Serum Institut eller på blanket nr. 1 "Bakterier" (lys orange kant).

Prøvemateriale og anden sygdom anføres af hensyn til valg af optimal forbehandlingsmetode og dyrkningssubstrater.

Som til standardundersøgelsen.

Resultatet angives som: Positiv (DNA fra M. tuberculosis kompleks påvist), Negativ (DNA fra M. tuberculosis kompleks ikke påvist) eller Hæmning af PCR reaktionen. 

Hasteprøver: Se R-nr. 146. PCR for M. tuberculosis kompleks inklusive genotypisk resistensbestemmelse besvares normalt samme dag prøven modtages og positive nyfund forsøges udtelefoneret. Elektronisk svares straks svar foreligger mens skriftlige svar afsendes senest 2-3 hverdage efter prøvens modtagelse.

På ekspektorater er sensitiviteten ca. 85% i forhold til dyrkningen. Sensitiviteten er noget lavere på andre prøvekategorier grundet det lavere bakterieantal i disse prøver. Specificiteten er høj (~99%) på alle prøvekategorier. Positivt resultat viser tilstedeværelse af levende eller døde M. tuberculosis kompleks bakterier i prøven. Efter behandlingsstart kan der i flere måneder forekomme døde mykobakterier i kontrolprøver. Undersøgelsen har derfor, i modsætning til dyrkning, begrænset værdi til kontrol af behandlingseffekt.

Referencer:

• Tuberkulosebekæmpelse i Danmark: Et nationalt tuberkuloseprogram 2018 

• Jeong Hyun Kim, Young Jae Kim, Chang-Seok Ki, Ji-Youn Kim, and Nam Yong Lee. 2011. Evaluation of Cobas TaqMan MTB PCR for Detection of Mycobacterium tuberculosis. J. Clin. Microbiol. 2011 49:1 173-176; doi:10.1128/JCM.00694-10

• Mykobakterier standardundersøgelse (mikroskopi, én PCR, dyrkning, evt. identifikation, evt. resistensbestemmelse) (R-nr. 144)
• Mycobacterium tuberculosis kompleks, haster PCR-undersøgelse & standardundersøgelse (R-nr. 146)
• Mycobacterium genotypning (DNA) (R-nr. 128)
• Azithromycin (koncentrationsbestemmelse) (R-nr. 1016)
• Interferon gamma-frigørelse (TB-relateret) (Mycobacterium tuberculosis) (R-nr. 178)

Ved PCR opformeres M. tuberculosis kompleks specifikke prober med efterfølgende fluorescens baseret detektion af M. tuberculosis kompleks og resistens fremkaldende mutationer i generne rpoB, inhA og katG. Positive fund fra nye patienter, uden andre positive prøver, konfirmeres ved gentagen PCR-undersøgelse.

IVDR risikoklasse: C
In house komponent: DNA-oprensning, Library preparation, Pipeline 
Internt reference nummer: R-nr. 145
Komponenten opfylder generelle krav til sikkerhed og ydeevne.

   Undersøgelsen er akkrediteret af DANAK efter ISO 17025.

Mikroskopi, PCR, dyrkning og artsbestemmelse af de hyppigste mykobakteriearter samt resistensbestemmelse af M. tuberculosis kompleks for 1. valgs stoffer er ISO17025 akkrediteret af DANAK under registreringsnummer 397 til prøvning.

SSI00145
126001017100000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Blod (heparin-glas)
126001006000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Knoglemarv
126001040000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Pleuravæske
126001041000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Perikardievæske
126001042000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Ascitesvæske
126001030000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Ledvæske
126003043300000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Fæces
126005046030700 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Sekret - podning - Vagina
126005046030760 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Sekret - podning - Cervix
126005000030760 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Podning - Cervix
126005000030745 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Podning - Endometrium
126002014000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Ekspektorat
126002016000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Trakealsekret
126006015000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Bronkoalveolær lavage {BAL}
126002020000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Pus
126005030000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Sår - podning
126001020000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Spinalvæske
126001020200000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Hjerneventrikelvæske {liquor}
126003011000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Urin - midtstråle
126006012000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Ventrikelskyllevæske {mavesæk}
126004000900000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Biopsi-hud
126004003000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Knoglevæv
126004006000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Lymfeknude - væv
126004001020020 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Biopsi - Pleura
126004000000000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Væv
126004000100000 Mycobacterium (TB) DNA/RNA - Væv {paraffinindstøbt}

SSI00145

Tuberkulose & Mykobakterier

T. 3268 3731 & 5170 3054
@. tuberkulose@ssi.dk

Telefontid:
Mandag-fredag kl. 8.00-20.00
Lørdag kl. 9.00-14.00