Molekylær påvisning/ID svampe (DNA) (R-nr. 1011)

Diagnostik ved mistanke om infektion med svampe.

Identifikation af svampekultur. 

Et af følgende prøvematerialer eller renkultur:

• Biopsier
• EDTA-blod >2 mL
• Væsker: Ascitesvæske, ledvæske, pleuravæske, drænvæske, urin, BAL og lign. >1 mL
• Corneaskrab og øjevæsker
• Ekstraheret DNA
• Svampekulturer til identifikation

Steril håndtering ved prøvetagning er essentiel for normalt sterile væsker.

Undersøgelse på spinalvæske og andre materialer udføres ikke uden forudgående telefonisk kontakt.

Blod: Til undersøgelse for svampe DNA ved PCR/sekventering foretrækkes >2 mL blod udtaget sterilt direkte i vakuumrør med EDTA. Røret vendes nogle gange for at undgå koagulation.

Væsker og pus udtages ved evt. perkutan punktur eller ved punktur af drænslange nær patienten. Aldrig fra beholder eller flaske langt fra patienten.

Undersøgelsen kan rekvireres i WebReq under laboratoriet Statens Serum Institut eller på blanket nr. 11 "Svampe og parasitter" (mørk orange kant).

Kan prøven ikke sendes samme dag skal den opbevares på køl (2-8 °C) og sendes hurtigst muligt.

• Påvist (så vidt muligt med arts eller slægtsnavn ved klinisk relevant fund)
• Ikke påvist
• Inkonklusiv (fund af svampe DNA kan hverken af- eller bekræftes og det er muligt, at der er DNA fra flere svampe i prøven, hvilket umuliggør et entydigt resultat)

Svar afgives 1-6 hverdage efter prøvens modtagelse.

Fundet skal altid sammenholdes med det kliniske billede. Negativt svar udelukker ikke infektion.

Ift. primær diagnostik:
Da metoden opformerer og påviser DNA fra, i princippet, alle svampe, er analysen følsom i forhold til kontaminering under prøvetagningen, fra omgivelser osv. 

Kun hvad der betragtes som klinisk relevante fund rapporteres. Hvis patogen betydning anses som tvivlsom betinget af identifikationen af den fundne svamp, vil dette fremgå som en kommentar på svaret.

Ved mistanke om aspergillose kan følgende analyser anvendes:
R-nr. 1065 Aspergillus DNA inkl. azol resistens 
R-nr. 1066 Aspergillus DNA og galactomannan Ag 

Ved mistanke om cryptococcose anbefales:
R-nr. 058 Cryptococcus (Ag) 

For en bredere mikrobiologisk undersøgelse hvor ikke kun svampe mistænkes kan følgende analyse anvendes:
R-nr. 1008 Mikrobiom 16S/18S (bakterier, svampe, parasitter)

Ekstern kvalitetssikring

Den specifikke sub-analyse, Mucorales PCR scorede 100% (7/7) i den seneste EQA rundsendt via den internationale svampe PCR gruppe: Fungal PCR Initiative (FPCRI, (https://www.isham.org/working-groups/european-aspergillus-pcr-initiative-eapcri).

Denne analyse er under validering og køres på forespørgsel.

Den specifikke analyse, Candida PCR scorede 90% (9/10) i den seneste EQA (CANDNA18) rundsendt af Quality Control for Molecular Diagnostics (QCMD, https://www.qcmd.org). Den ene prøve med fejl indeholdt Saccharomyces cerevisiae, som vi kan påvise, og som vi i Danmark anser som en relevant gærart, der også forårsager fungæmi. Analysen er under klinisk validering og kan køres på forespørgsel.

Den indledende PCR opformerer et specifikt stykke DNA (ITS), der findes i alle svampe, men ikke nødvendigvis påvises med samme sensitivitet og specificitet. Ligeledes har prøvematerialet også en væsentlig betydning for analysens performance. Det er derfor er ikke muligt at angive sensitivitet og specificitet for alle kombinationer af svampe og prøvematerialer. Analysens diagnostiske potentiale er især begrænset ved infektioner forårsaget af to eller flere svampe (polyfungale infektioner) samt paraffinsnit, som ikke anses for at være sterilt materiale.

Er der indsendt en renkultur, vil molekylærbiologisk identifikation være entydig og specifik, og så vidt muligt til genus og species niveau.

Metoden er testet på mere end 100 primære kliniske prøver indsendt med fokus på svampeinfektioner. På baggrund af disse resultater har sensitiviteten for denne analyse vist sig overordnet at være på niveau med eller bedre end traditionelle metoder, som dyrkning og mikroskopi.

Analysen er imidlertid ikke optimeret for Cryptococcus infektioner som ud fra deres DNA sammensætning kan forventes at påvises med lavere sensitivitet. Ved mistanke om cryptococcose anbefales antigen bestemmelse (R-nr. 058), samt mikroskopi og dyrkning. 

Ved primær diagnostik, undersøges der for tilstedeværelse af DNA fra svampe ved universel svampe PCR (ITS), efterfulgt af Sanger sekvensering. Såfremt der er angivet specifik mistanke om Mucorales eller Fusarium infektion, suppleres med specifikke PCR analyser. De eksisterende Mucorales og Fusarium PCR analyser er dog ikke færdig validerede, hvorfor disse resultater skal tages med et forbehold.

Ved identifikation anvendes ligeledes en universel svampe PCR (ITS) efterfulgt af Sanger sekvensering, suppleret med undersøgelse og sekvensering af andre DNA områder (beta-tubulin og translation elongation factor), når dette er nødvendigt for identifikation til species niveau. 

IVDR risikoklasse: B
In house komponent: Diverse reagenser, medier, mikroskopi mm.
Internt reference nummer: R-nr. 1011
Komponenten opfylder generelle krav til sikkerhed og ydeevne.

SSI00080

SSI00080

Bakterier, Parasitter & Svampe
Mykologisk & Parasitologisk Specialdiagnostik 

T. 3268 8600
F. 3268 3033
@. afdMI@ssi.dk

Telefontid:
Mandag-torsdag kl. 8.00-15.30
Fredag kl. 8.00-15.00