Mikrobiom 16S/18S (bakterier, svampe, parasitter) (R-nr. 1008)

Ved mistanke om infektion med bakterier, svampe eller parasitter.

Et af følgende prøvematerialer:

• EDTA-blod 5-10 mL
• Spinalvæske 2-3 mL
• Væsker: Ascitesvæske, ledvæske, pleuravæske, drænvæske, urin, BAL og lign. 2-3 mL
• Biopsier 

Steril håndtering ved prøvetagning er essentiel for normalt sterile væsker.

Blod: Til undersøgelse for eukaryot DNA ved PCR/sekventering foretrækkes 5-10 mL blod udtaget sterilt direkte i vakuumrør med EDTA. Røret vendes nogle gange for at undgå koagulation.

Væsker og pus udtages ved evt. perkutan punktur eller ved punktur af drænslange nær patienten. Aldrig fra beholder eller flaske langt fra patienten.

Fæces uden tilsætning eller taget med ESwab.

Undersøgelsen kan rekvireres i WebReq under laboratoriet Statens Serum Institut eller på blanket nr. 1 "Bakterier" (orange kant) eller Blanket nr. 11 "Svampe og parasitter" (mørk orange kant).

Kan prøven ikke sendes samme dag skal den opbevares på køl (2-8 °C) og sendes hurtigst muligt.

• Påvist (med artsnavn ved klinisk relevant fund)
• Ikke påvist

Svar afgives 1-2 uger efter prøvens modtagelse.

Prøver der modtages på SSI mandag, kan forvente svar den efterfølgende mandag eller tirsdag.

Fundet skal altid sammenholdes med det kliniske billede.

Da metoden opformerer og påviser DNA (16S/18S) fra, i princippet, alle eu- og prokaryoter, er analysen følsom i forhold til kontaminering under prøvetagningen, fra omgivelser etc.
Kun klinisk relevante fund rapporteres.

Da denne metode potentielt kan påvise og identificerer mere end 50.000 forskellige bakterier og eukaryote arter, er det ikke muligt at angive sensitivitet og specificitet for alle kombinationer af prøvematerialer og mikroorganismer.

Metoden er testet på pools, tilsat mere end 60 kendte forskellige arter af parasitter, svampe og bakterier. Derudover evalueres metoden løbende på kliniske prøver primært indsendt til undersøgelse for bakterielle eller parasitære infektioner. På baggrund af disse resultater har sensitiviteten for denne analyse vist sig overordnet at være på niveau med eller bedre end traditionelle metoder, som dyrkning og traditionel 16S og 18S PCR efterfulgt af sanger sekventering, med mange eksempler på fund af ellers oversete kliniske relevante mikroorganismer.

Det skal dog bemærkes, at metoden er fundet mindre egnet til: Giardia, Dientamoeba fragilis, samt Leishmanina spp., og at visse parasitter, svampe og bakterier kun kan navngives til genus niveau. I disse tilfælde vil supplerende analyse være påkrævet for evt. artsidentifikation til species niveau. Ligeledes er metoden mindre velegnet til artsidentifikation af nogle tarmpatogene bakterier, som E. coli/Shigella, og kan ikke påvise eventuelle toxin/virulensgener.

Der undersøges for tilstedeværelse af DNA fra bakterier, svampe og parasitter ved universal PCR, efterfulgt af sekventering ved NGS teknologi.

IVDR risikoklasse: B
In house komponent: Mastermix (primere og prober)
Internt reference nummer: R-nr. 1008
Komponenten opfylder generelle krav til sikkerhed og ydeevne.

SSI00039
520031000800000 NGS Patogene mikroorganismer - Blod (EDTA-glas)
520031020000000 NGS Patogene mikroorganismer - Spinalvæske
520031030000000 NGS Patogene mikroorganismer - Ledvæske
520031040000000 NGS Patogene mikroorganismer - Pleuravæske
520031042000000 NGS Patogene mikroorganismer - Ascitesvæske
520033000100000 NGS Patogene mikroorganismer - Urin
520033043300000 NGS Patogene mikroorganismer - Fæces
520034001000000 NGS Patogene mikroorganismer - Biopsi
520036015000000 NGS Patogene mikroorganismer - Bronkoalveolær lavage {BAL}
520036021000000 NGS Patogene mikroorganismer - Drænvæske
520036020000000 NGS Patogene mikroorganismer - Væske

SSI00039 Mikrobiom (bakt.,svampe,parasitter)
SSI00978
SSI00976
SSI00977

Bakterier, Parasitter & Svampe
Bakteriologisk Specialdiagnostik

T. 3268 8600
F. 3268 3873
@. afdMI@ssi.dk

Telefontid:
Mandag-torsdag kl. 8.00-15.30
Fredag kl. 8.00-15.00