Katrine Grimstrup Joensen

Forskningsområder

Forskning med henblik på udvikling af Next-generation sekvensering (NGS)-baseret overvågning og udbrudsdetektion indenfor fødevarebårne, patogene bakterier. Herunder primært ved analyse af data fra helgenomsekvensering (WGS) af Campylobacter, men ydermere med WGS-projekter omhandlende Shiga toxin-producerende E. coli (STEC), samt C. difficile.

PubMed link

Katrine Grimstrup Joensen

Ansvarsområder

• Udvikling og implementering af helgenomsekvenserings (WGS) -baserede typningsmetoder til brug i den nationale overvågning af fødevarebårne patogene bakterier 
  • primært indenfor Campylobacter, STEC, (C. difficile).
    
    
• Udvikling, implementering og vedligeholdelse af databaser til ekstrahering af genetiske markører, såsom virulensgener, serotype-specifikke gener, og resistensmarkører, til overvågningsbrug.

• Påvisning og eftersporing af fødevarebårne udbrud
  • indenfor STEC, Listeria og Campylobacter.

Publikationer

• Joensen KG, Schjørring S, Gantzhorn MR, Vester CT, Nielsen HL, Engberg JH, Holt HM, Ethelberg S, Müller L, Sandø G, Nielsen EM. Whole genome sequencing data used for surveillance of Campylobacter infections: detection of a large continuous outbreak, Denmark, 2019. Euro Surveill. 2021 Jun;26(22):2001396. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.22.2001396. PMID: 34085631; PMCID: PMC8176674.
  
  
• Joensen KG, Kiil K, Gantzhorn MR, Nauerby B, Engberg J, Holt HM, Nielsen HL, Petersen AM, Kuhn KG, Sandø G, Ethelberg S, Nielsen EM. Whole-Genome Sequencing to Detect Numerous Campylobacter jejuni Outbreaks and Match Patient Isolates to Sources, Denmark, 2015-2017. Emerg Infect Dis. 2020 Mar;26(3):523-532. doi: 10.3201/eid2603.190947. PMID: 32091364; PMCID: PMC7045838.
  
  
• Joensen KG, Engsbro ALØ, Lukjancenko O, Kaas RS, Lund O, Westh H, AarestrupFM. Evaluating next-generation sequencing for direct clinical diagnostics in diarrhoeal disease. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2017 Jul;36(7):1325-1338.doi: 10.1007/s10096-017-2947-2.
  
  
• Joensen KG, Tetzschner AM, Iguchi A, Aarestrup FM, Scheutz F. Rapid and Easy In Silico Serotyping of Escherichia coli Isolates by Use of Whole-Genome Sequencing Data. J Clin Microbiol. 2015 Aug;53(8):2410-26. doi:10.1128/JCM.00008-15. Epub 2015 May 13.
  
  
• Joensen KG, Scheutz F, Lund O, Hasman H, Kaas RS, Nielsen EM, Aarestrup FM. Real-time whole-genome sequencing for routine typing, surveillance, and outbreak detection of verotoxigenic Escherichia coli. J Clin Microbiol. 2014May;52(5):1501-10. doi: 10.1128/JCM.03617-13. Epub 2014 Feb 26.