MiBa er hjertepumpen i Danmarks unikke covid-19-datastrøm
Mikrobiologidatabasen MiBa er en let overset, men unik ressource og den har været uvurderlig for Danmarks håndtering af krisen.
Data om covid-19-smittede udspringer fra mange kilder. Mange, ofte flere hundredetusinder, af tests og prøver fra danskere i hele landet bliver analyseret i mikrobiologiske laboratorer (KMA’er) rundt om på landets hospitaler og på SSI. Ikke mindst i Testcenter Danmarks laboratorier i øst og vest.
I hjertet af Danmarks indsats under pandemien finder man MiBa. I realtid, helt uden forsinkelse, samles alle disse prøvesvar således i MiBa, inden data herfra igen forgrener sig ud i samfundet. I starten af 2021 blev over 100 private testfirmaer også koblet på MiBa databasen, så også disse data kunne løbe med ind i den nationale overvågning.
Datastrømmene har været enorme, men de har bevæget sig hurtigt. Det er unikt for Danmark, og det var ikke givet på forhånd, at det skulle blive sådan.
En SMS tikker ind
Sektionsleder Marianne Voldstedlund sidder i møde, da hun den 26. februar 2020 modtager en sms om Danmarks ”patient 0”. Covid-19-pandemien er kommet til Danmark.
Hun rejser sig op og siger kort, at hun altså er nødt til at være et andet sted. Så styrter hun ”hjemad”. Det vil sige hjem til kontoret på Statens Serum Institut, og til afdelingen for Data Integration og Analyse (DIAS), der ligger under Infektionsberedskabet.
Hun ringer rundt og får samlet holdet. De ved alle sammen, at den mikrobiologiske database MiBa og nogle tilknyttede systemer vil komme til at spille en afgørende rolle, hvis pandemien for alvor kommer til Danmark. For MiBa kan noget unikt. Men mulighederne rækker også langt videre, så potentialet er kæmpe stort. Lige så stort som tiden er knap.
Det er nu, at MiBa og de digitale overvågningssystemer skal stå deres prøve. De ideer, som DIAS har diskuteret og formet de sidste år, skal omsættes til virkelighed og prøves af i fuld skala. Det grønne lys er endelig tændt. MiBa - og det sygdomsovervågningssystem, der bygger på data fra MiBa - skal færdigautomatiseres og videreudvikles. Men når de ikke at få automatiseringen på plads, inden antallet af tilfælde begyndte at stige, er løbet kørt, og DIAS vil drukne i håndbårne dataleverancer.
Og så går de i gang med at programmere. De aftaler kodning af covid-19 testsvar med laboratorierne i og uden for SSI. De flytter næsten ind på kontoret. Epidemien venter ikke på nogen.
Udviklet "con amore"
”MiBa og systemerne til national smitteovervågning havde ikke den store opmærksomhed eller finansielle støtte, før pandemien ramte. Det blevet drevet af DIAS-medarbejdere og folk fra andre afdelinger på SSI sammen med landets mikrobiologiske afdelinger. Udviklingen af systemerne foregik oftest ”con amore”, drevet af dem, som havde set lyset. Især automatisering af databehandlingen, når data skal indgå i sygdomsovervågningen, haltede bagefter”, forklarer Marianne Voldstedlund.
Hun er speciallæge i klinisk mikrobiologi. I oktober 2020 modtog hun Kauffmann-prisen for at pionere digitaliseringen af mikrobiologien gennem sit arbejde med MiBa.
”Men skelettet var der jo, og det var ideerne også. De grundliggende principper for en automatiseret databehandling af MiBa-data til infektionsovervågning var inde i hovedet på os,” siger hun.
Et fælles overblik
I sin kerne er MiBa en database, der modtager samtlige testsvar fra alle Danmarks klinisk mikrobiologiske laboratorier. Før pandemien havde databasen allerede stor værdi i sundhedsvæsnet, da MiBa også dengang gav et fælles samlet overblik over testsvar og samtidigt gav både borgerne selv og lægerne adgang til det enkelte testsvar på tværs af landet.
Eksempelvis når en patient flytter fra et sygehus til et andet, så har personalet nem adgang til de relevante informationer og skal ikke længere ringe rundt for at indhente oplysningerne. De kan finde dem i MiBa, der altid er opdateret.
MiBa er det seneste halvandet år gået fra at være specialværktøj for sundhedsfaglige, til at servicere millioner af danskere i døgndrift med testsvar til coronapas, og samtidigt dirigere en massiv strøm detaljerede informationer om epidemien ud til hele samfundet - fra epidemiologer og smitteopsporere, til beslutningstagere og journalister og til den almindelige dansker.
MiBa er koblet op til laboratorier og testudbydere på den ene side og til både fx Sundhed.dk, app´en MinSundhed og sygehusenes patientjournaler på den anden side og sikrer nem adgang til alle prøvesvarene.
Under covid-19-pandemien fik danskerne selv en central rolle i infektionskontrollen. Det har været muligt med MiBa som bindeled. Borgeren bestiller selv sin covid-19 test og skal selv tjekke sit covid-19-testsvar. Overvågningssystemet, der er baseret på MiBa data, er ret komplekst og har været under udvikling i nogle år. Det skulle erstatte omstændelige papirindberetninger, som var langsommelige og tidskrævende.
Med rekordfart er en digital overvågning af covid-19 blevet udviklet, som har sikret datagrundlaget for risikovurderinger, rapporter, statistikker og hjemmesider.
Idemanden Mølbak
Den nu pensionerede faglige direktør for Statens Serum Institut, Kåre Mølbak var den oprindelige idemand til MiBa tilbage i 2003.
”Vi havde op gennem 00’erne arbejdet med tanken om at modernisere overvågningen af infektioner. Overvågningen var baseret på manuelle arbejdsgange og udveksling af data i alle mulige former fra håndskrevne notater til excelark i forskellige formater. Så en hovedhjørnesten i dette skulle være et nationalt datavarehus med mikrobiologidata”, siger Kåre Mølbak.
Til en fest i 2009 i den anden ende af landet hørte Marianne Voldstedlund om Kåre Mølbaks planer. Hun tog kontakt, og endte altså med at blive bannerfører for projektet og bære det ledende ansvar for at udvikle systemet.
Kåre Mølbak havde haft en drøm om at forene de kliniske mikrobiologiske laboratoriers data fra ”våde” testsvar i en database, og siden koble den sammen med den ”tørre” epidemiologiske sygdomsovervågning. Første del var på plads, da pandemien ramte.
Fra hovederne til koderne
For at kunne oversætte testsvarene til statistisk anvendelige epidemiologiske data skulle svarene kvantificeres. Fra testsvar til epidemiologiske dataopgørelser, skræddersyede data og interaktive hjemmesider er der et stykke vej.
”Vi havde en uge til at få automatiseret de første etaper af covid-19 overvågningen og arbejdede til langt ud på natten i de første uger. Det var en vild tid. I starten var vi fire mand på det her. Nu arbejder alle i afdelingen med forskellige covid-19 opgaver, og vi er blevet mange flere”, fortæller Marianne Voldstedlund.
I begyndelsen af epidemien i Danmark var der ikke noget, der hed Testcenter Danmark. De første prøver blev hastet til SSI og analyseret på instituttets virologiske laboratorium. Der var i starten kun tale om relativt få tests dagligt, hvilket sagtens kunne håndteres manuelt. Men hvis ikke databehandlingen blev gjort fuldautomatisk, inden epidemien stak af, ville man blive løbet over ende.
”Heldigvis virkede systemet, som vi havde håbet.” siger Marianne Voldstedlund.
”Vi satte, som noget af det første, automails op, så alle relevante personer og myndigheder fem gange i døgnet fik en mail, hvor man kunne se hvor mange, der var testede, og hvor mange, der var positive. Vi gjorde det bare, og det blev taget virkelig godt imod. I de første mange måneder af pandemien var det jo det første, alle gjorde om morgenen, at tjekke hvor mange, der nu var smittede. Så der kom mange positive tilbagemeldinger”, siger Marianne Voldstedlund. Hun fortsætter:
”Ofte skulle dataopgørelserne times med pressemøderne, så statsministeren kunne sige et bestemt tal. Når det hele er så dynamisk, og tallene hele tiden opdateres, findes der jo ikke et fast tal for antal smittede eller testede.”
Ved hjælp af serier af dataalgoritmer til at styre det hele lykkedes det at realisere visionerne. Siden er Covid-19 overvågningssystemet løbende blevet udviklet videre. I dag kan data fra MiBa udtrækkes, opgøres og kobles til data fra en lang række nationale registre som for eksempel CPR-registret og Landspatientregistret. Eksempelvis kan man, ud fra de testedes folkeregisteradresse, bestemme, hvor i landet smitten breder sig, eller ud fra viden om hospitalsindlæggelser følge covid-19 infektionens alvorlighed. MiBa er sammen med Covid-19-overvågningssystemet et uvurderligt redskab for epidemiologerne og myndighederne.
Antallet af testede og andelen af positive tests og dermed datamængderne er i perioder vokset med alarmerende hastighed.
”Der er meget at koordinere på tværs af centrale myndigheder og regionerne, ligesom der er det med for eksempel svarvisninger på Sundhed.dk og deres mobilløsninger. Heldigvis arbejder alle godt sammen på kryds og tværs. Også leverandørerne til MiBa og Sundhedsdatastyrelsen har spillet en vigtig rolle, når servere og den slags skulle udvides til at klare presset fra de hastigt voksende datamængder”, fortæller Marianne Voldstedlund.
Selvom der til tider opstår frustration blandt borgere omkring ventetid på coronapas, eller omkring nye data blandt journalister og meningsdannere, - så er det værd at bemærke, at vi i Danmark har et helt unikt system, hvor data løber utrolig stærkt.
- historien fortsætter under billedet
MiBa (sådan ret) kort
Når en dansker testes for covid-19, eller anden sygdom, enten på de danske hospitaler, i offentlige teststeder eller hos private testudbydere, så indberettes prøvesvaret automatisk til MiBa via sikre løsninger.
I MiBa indlæses data, og herfra sendes dataene automatisk videre til bl.a. sundhed.dk. Der kan gå fra få sekunder og op til ca. 15 minutter fra laboratorierne eller de private testudbydere indberetter et prøvesvar, og til borgeren kan se sit prøvesvar på sundhed.dk og de tilknyttede mobilløsninger (MinSundhed).
I 2021 har datagrundlaget i MiBa været afgørende for, at danskerne kunne få adgang til kulturliv, restauranter m.m., uden at der blev givet slip på sygdomskontrollen, ved hjælp af deres coronapas.
Data sendes også videre til Smitteopsporingen ved Styrelsen for Patientsikkerhed, og MiBa sikrer derfor også en mere effektiv smitteopsporingsaktivitet.
Ved hjælp af MiBa bliver der desuden trukket store statistiske datasæt til sygdomsovervågningen. Det har givet epidemiologerne på Statens Serum Institut det klare overblik over udviklingen af epidemien i Danmark. Det har leveret data til en række matematiske modeller, så beslutningstagerne har fået den bedste viden, at stå på, når de nødvendige beslutninger skulle træffes.
Med unik hastighed sammenkobles data med en lang række nationale registre, som er til gavn for den enkelte og for den offentlige oplysning. Det er således også ved at koble data fra MiBa med data fra Det Danske Vaccinationsregister, at vi løbende kan følge effektiviteten/virkningen af vores covid-19 vaccine.
Data deles i vid udstrækning offentligt via andre styrelser og offentlige institutioner, på SSI.dk og dashboards, og ikke mindst med den danske presse.
Som et sidste led giver MiBa’s data sammenkoblet med andre registre gode forudsætninger for troværdige data som grundlag for bl.a. forskning på den anden side af covid-19-pandemien.
Et pressemøde
Den 11. marts 2020 åbner dørene til spejlsalen i statsministeriet. Mette Frederiksen bevæger sig roligt, men resolut ud til podiet. Med et sammenbidt udtryk i ansigtet retter hun på stakken af papirer foran sig.
Hun ved, hvad smittetallene siger netop i det øjeblik. Foran hende ligger et datatræk med helt aktuelle smittetal. Det er de tal, der lægges til grund for beslutningen om en historisk nedlukning af Danmark kort efter.
De historiske minutter er også et billedet på et år, hvor en løbende strøm af sundhedsdata blev den udslagsgivende faktor i dansk politik. En datastrøm, som MiBa solidt har leveret rygraden af hver eneste dag og gjort det i realtid.
I det år, der siden er gået, er Marianne Voldstedlunds ”hjem” på kontoret blevet en næsten bogstavelig kendsgerning. Marianne har travlt, og ligesom så mange af hendes medarbejdere arbejder hun næsten døgndrift for drive det kæmpe apparat, som MiBa i dag er blevet.
”For de medarbejdere på SSI, som har været involveret i arbejdet med MiBa, var det en vild oplevelse, da covid-19 rullede ind over Danmark og man pludselig stod i midten af stormen. Fra at være en del af et bagvedliggende maskineri blev dataleverancerne nu fulgt af hele Danmark, og det føltes som et enormt ansvar”, fortæller Marianne Voldstedlund.
En flodbølge af efterspørgsler
Med Stats- og Sundhedsministeren blandt de ivrigste læsere af MiBa's datastrøm var det klart, at MiBa ikke længere levede et stille liv i et hjørne af sundhedsvæsnet.
Ansvaret og de endeløse arbejdsbyrder har givet et stort pres på medarbejderne. DIAS forsøgte at rekruttere så hurtigt som muligt, selvom nye medarbejdere kræver, at der sættes kræfter af til oplæring.
”Vi er løbende ved at bukke under med stress, men jeg er imponeret over, at folk her bliver ved med at bidrage til at holde gejsten og stemningen oppe og fortsat klør på”, forklarer Marianne Voldstedlund. Hun tilføjer:
”Men jeg er da bekymret for, hvornår filmen knækker, og tænker, at der også godt kan komme en efterreaktion, når trykket en dag letter. Vi taler om det sammen, men der er bare ikke nogen nemme løsninger her”.
DIAS er da også vokset til tre-fire gange den oprindelige størrelse og har desuden i perioder konsulenter og studenter. Men trods anstrengelserne har det føltes som en kamp mod tiden. Presset fortsætter. Marianne Voldstedlund forklarer det med matematiske betegnelser.
”Det vælter stadig ind over os. Arbejdsmængden vokser eksponentielt, mens vi vokser lineært. Så det passer ikke sammen”, griner hun hovedrystende.
Internationalt forbillede
Kåre Mølbak har kun roser til overs til holdet bag indsatsen under pandemien
”Der er ydet over al forventning. Desværre er det en indsats, som ikke er super synlig, og hvor det især bliver synligt, når der er forsinkelser og den slags. MiBa er blevet en central infrastruktur, som man bare forventer fungerer,” siger han.
MiBa har siden pandemien begyndte gennemgået en stor opskalering og forvandling, som et centralt redskab i en historisk sundhedskrise.
Det er dog sket uden den store opmærksomhed her i landet, men ifølge Kåre Mølbak ikke uden, at andre landes myndigheder har bemærket det.
”MiBa er blevet et internationalt forbillede for opbygning af overvågning og datadeling,” siger han.
Danmark har enormt gode overvågningsdata i forhold til covid-19, - også bedre end lande, vi normalt sammenligner os med. Det skyldes, ifølge Marianne Voldstedlund netop, at vores dataleverancer sker hurtigt i realtid, og at de dækker hele landet.
Det kan kun lade sig gøre, fordi systemet var bygget og i brug, inden covid-19 ramte, men også i allerhøjeste grad, fordi MiBa bygger på et unikt samarbejde mellem MiBa-medarbejdere, klinisk mikrobiologiske afdelinger på danske hospitaler, sundhedsmyndigheder og en række andre relevante aktører.
”Det er et kæmpe forgrenet samarbejde, som er blevet opbygget over mere end 10 år, før covid-19 ramte Danmark. Og det er netop betydningen af samarbejdet på tværs, der undervurderes og giver udfordringer i flere af vores nabolande”, siger Marianne Voldstedlund
Også Kåre Mølbak fremhæver det tværgående samarbejde, som afgørende.
”Det er vigtigt at forstå MiBa, ikke alene som et ”kinderæg” af data, men også som et netværk der har styrket samarbejdet mellem ildsjæle inden for dansk mikrobiologi”, siger Kåre Mølbak
Fra specialsystem til allemandseje
1 minut og 37 sekunder af kampen Danmark-Belgien er gået, da den danske landsholdsspiller Yussuf Poulsen overraskende modtager en frispilning fra sin gamle barndomsven. Han tager et træk og skyder.
Med et brøl, der runger i Parken, erstatter fodbold-eufori en angstfuld skygge, der har hvilet over befolkningen efter et år med afsavn og bekymringer. Den 17. juni, 2021 kan rød-hvide fans råbe deres glæde ud blandt de 25.000 tilskuere i Parken.
Takket være de nationale data fra MiBa har de mange tusinde roligans fremvist opdaterede coronapas, og med ro i sindet kunnet indfinde sig på tribunerne. MiBa understøtter coronapasset, der i foråret og sommeren 2021 gav en nøgle til frihed for alle danskere.
Derfor handler MiBa's historie både om storskala epidemihåndtering, men også om en demokratisering af data og viden, hvis man spørger Henrik Ullum, direktør for Statens Serum Institut.
”En topbelastning på mere end 40 millioner opslag i MiBa om måneden, og mere end 750.000 testsvar ind på én dag, da trykket var på sit højeste, - og så den omfattende brug af coronapas oveni, siger jo det hele. Det vidner om den utrolige udvikling, MiBa har været igennem. En bemærkelsesværdig rejse fra at være et specialsystem for sygehuseksperter til at betjene den brede befolkning i deres dagligdag,” siger Henrik Ullum.
Kåre Mølbak deler begejstringen.
”Jeg vidste med sikkerhed, at MiBa data ville blive afgørende for overvågning, sygdomsmodellering, bestemmelse af vaccinernes effektivitet og meget andet. Det som jeg ikke havde drømt om var den store interesse for data og dataleverancer fra alle mulige interessenter. Det har været en megaindsats at få det på plads,” siger han.
Fremtiden for MiBa
MiBa har flyttet sig langt og hurtigt for at tilpasse sig behovene i en historisk tid. Uanset hvad efteråret og vinteren 2021 måtte bringe, så vil betydningen af MiBa fortsat vokse.
”Nu ser vi ind i et efterår, hvor de almindeligt forekommende luftvejsinfektioner ikke længere er begrænset af nedlukninger og restriktioner og derfor kan få frit løb igen. En cocktail af for eksempel Influenza, RS-virus, pneumokokker og nye covid-19 varianter kan godt gå hen og blive giftig”, lyder det fra Marianne Voldstedlund
”Vi har en RS-epidemi i øjeblikket. Vi har i mange år brugt data fra MiBa til overvågning af RS-virus, men databehandlingen er sådan semi- håndholdt. Vi er lige på trapperne med automatiseringen her, så det kommer. Og så kan de data også komme bedre ud på vores hjemmeside”, siger hun.
DIAS er nu i fuld gang med at tilpasse dataudtræk fra MiBa og algoritmer, så også de klassiske luftvejsinfektioner kan følges på samme høje niveau som Covid-19.
”Vi har 100 andre infektioner, vi skal overvåge. Covid-19 er bare en. Vi er i en overgangsfase mellem de fuldt digitale løsninger og de gamle delvist manuelle løsninger. Nu har vi demonstreret over for folketinget, sundhedsfaglige og befolkningen, hvad man kan bruge data til, hvis man sætter ressourcer af til det”, siger Marianne Voldstedlund.
Tre vigtige områder i nær fremtid
Man kan desuden fremhæve tre områder, hvor MiBa kan spille en vigtig rolle.
- Levering af data til forskning - MiBa samler data, som kan sammenkobles med andre registre.
- Data til kvalitetssikring i sundhedsvæsnet - forbedringer i behandlingen af patienter baseret på statistik. For eksempel til at vise, hvilke behandlingstyper, der virker bedst for bestemte patienttyper.
- Infektionskontrol – MiBa kan komme til at spille en afgørende rolle i kontrollen med antibiotika-resistente bakterier. En kæmpe opgave for fremtiden, da sygdomskontrol i den sammenhæng, er en forudsætning for at vi kan operere folk, kræftbehandle etc.
Perspektiver på den lange bane
På langt sigt er det håbet, at MiBa kan give overblik i realtid, over mange forskellige infektionssygdomme.
”Der er mange spørgsmål, som MiBa vil kunne hjælpe med at besvare. I dag overser vi mange små epidemier og udbrud, som vi vil kunne opdage med MiBa, fuldgenomdata og vores digitale overvågningssystemer. Men det er klart, at jo flere infektioner, som vi skal holde øje med, jo mere får vi at lave. Men vi har mange ideer her i afdelingen. Lige nu udtænker vi blandt andet, hvordan vi kan udvikle en signaldetektering, som kan bimle, når nogle værdier overskrides”, fortæller Marianne Voldstedlund.
Hvorvidt, den øgede overvågning af befolkningens helbred kan bekymre nogle borgere, er en risiko, som Marianne Voldstedlund anerkender.
”Denne tillid, der er mellem borgerne og myndighederne i Danmark er altgørende at værne om. Faktisk fylder arbejdet med IT-sikkerhed, lovgivningsarbejde og overholdelse af GDPR-reglerne næsten lige så meget som selve Covid-19-overvågningen - det hører folk bare ikke så meget om”.
”En udvidet sygdomsovervågning i befolkningen kan bekymre nogle, mens andre stiller større og større krav om adgang til data og deling af detaljerede dataopgørelser. Det er en balancegang. Men der jo også en bedre forståelse i befolkningen nu, tror jeg. Folk har jo lært, hvad det vil sige, at en sygdom løber ud af kontrol, og den betydning det kan have for vores samfund og vores liv”, siger hun.
”Og man må jo sige, at befolkningen og pressen har en forventning nu, om at de bliver informeret på et meget detaljeret niveau”, lyder det fra Marianne Voldstedlund.
Pressehenvendelser
Kontakt Statens Serum Instituts presseafdeling på telefon 2260 1123 eller mail presse@ssi.dk
Abonner på Nyheder fra SSI